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소화기관
소화기관은 입에서 항문까지 곧바로 이어져 있다. 처음 4마디는 인두, 그 뒤로 9개 마디를 지나서 13번째 마디까지 식도, 다시 9개 마디를 더 가면 장이 시작된다. 탄산칼숨을 생성하는 선은 혈액속의 칼슘 농도조절과 관련이 있다. 특이하게 낚시지렁이 종은 식도 가운데에 부풀어 오른 부위를 형성하는데, 해부해서 볼때 식도 벽 안쪽이 분절 10 또는 11 마디에 있는 내강으로 이어진 위는 지렁이 종의 대부분에 있지만 낚시지렁이 종류에는 없다. 그 대신 장의 앞부분 끝이 변형되어 사낭을 형성하고 뒤로는 근육으로 이루어져 있다.
세개의 주요관인 핏줄이 있다. 길이의 대부분이 소화기관인 등 표면과 가깝게 연결되어 있는 수축성 혈관과 배쪽에 위치한 2개의 비수축성의 관이 있다. 장 밑의 배 혈관과 근육 조직과 체강 벽 사이의 식도 뒤쪽의 하위 신경 혈관이 있다. 식도 부위에서 체절로 쌍을 이루는 측면 핏줄이 마디 6 마디에서 11 마디까지 등과 배 혈관을 연결한다.

배설기관
배설기관은 처음 세개의 마디와 맨 마지막 마디를 제외한 각 마디에 있는 한 쌍으로 꼬인 모양의 배설관으로 이루어져 있다. 각 배설관은 깔대기 모양의 nephrostome를 가지고 있는데, 이것은 다음에 이어지는 마디로 열려 있고, 이 작은 지름을 가진 꼬인 관속으로 이어진다. 이 작은 지름은 대부분의 종에서 몸 표면에 있는 눈에 보이지 않는 배설기관, 구멍 앞에 방광 모양의 배설관은 소낭을 형성하기 위해 크기가 증가한다. 각각의 배설관은 각각 배와 등쪽의 혈관으로 부터 나온 구심성과 원심성의 혈관에 의해 영향을 받아서 배출 기능을 수행할 수 있고 혈액속의 삼투조절과 이온 균형을 유지할 수 있다.
배설관 소낭의 형태는 종류와 습성에 따라 다양하다. 낚시지렁이중에서 분화되지 않은 종들은 배설관 소낭이 부족하며, 그러한 지렁이는 계속 습기찬 토양에서 산다. 줄지렁이 종류는 소시지 모양에서 구형 또는 주머니 모양의 소낭을 가지고 있으며, 건조한 토양에서 살아갈 수 없다. 반면 대부분의 토양서식 지렁이, 낚시지렁이와 같은 종들은 토양에서의 매일의 생활뿐만 아니라 가뭄 동안에 수분 손실율을 조절할 수 있게 해주는 관모양의 소낭 (갈고리 모양, U자 모양 또는 낚시 바늘 모양)을 가지고 있다.

신경기관
지렁이의 신경계는 환형동물의 기본 패턴과 비슷하다. 뇌 신경절은 셋째 마디에 있는 인두의 등벽에 있다.
circumpharyngeal 결합물이 인두 주위 신경의 측면 가장자리로 부터 지나서, 넷째 마디에 있는 하위 식도 신경절에서 등쪽으로 결합한다. 등쪽 신경조직은 두개의 식도 주위의 연결물의 결합에서 뒤쪽으로 확장되어 신경계를 형성하기 위해 각 분절에서 약간 부풀어 오른 두개중의 반절이 함께 결합하면서 몸 나머지 부분을 통해 나간다. 전형적인 분절에서는 3쌍의 관이 측면으로 통하고 한쌍이 등의 신경 조직에서 앞쪽으로, 2쌍이 신경계로 부터 지난다. 마디 신경계는 주로 신경 고리로 이루어져 있는데, 이 고리는 등쪽으로 불완전하고 원을 그리는 근육층과 세로 근육층 사이에 대부분 놓여 있다.

생식기관
수컷의 생식기관은 10마디와 11 마디 사이에 있는 한쌍의 정소로 이루어져 있으며 이것들은 신경조직 가까이에 있는 앞쪽 격막에 붙어 있다. 종에 따라서 10마디에만, 또 다른 것은 11마디에만 쌍으로 된 정소를 가지고 있는 것 들도 있다. 대부분의 종류에서 정소주머니로 쌓여 있지 않아서 정액이 정소 마디의 체강 대부분을 채우고 있다. 모든 종은 각 정소 마디의 뒤쪽 격막에서 형성되어 있고 다음 마디, 즉 마디 11과 또는 12의 남는 공간의 많은 부분을 채우며, 위쪽으로 향한 작은 주머니처럼 보이는 정액 보관낭, 즉 정액소낭이 있다.
암컷의 생식기관은 신경조직 옆에 있는 복부의 체벽 13마디에 있는 앞쪽 격막의 뒤 표면에 매달린 한 쌍의 난소로 이루어져 있다. 그 구조는 상위 종류에 따라 다양하지만 낚시지렁이에서 난소는 하나의 줄을 이루는 원반모양 이다. 난자는 다음 마디에 있는 구멍을 통해 바깥으로 이어지는 짧은 한쌍의 난관 끝에 있는 숫이 달린 누두상 기관에 의해 흡수되는 곳에서 체강의 액체로 흐른다. 플라스크와 같은 용기인 저장낭은 교미중 상대 개체로 부터 받은 정액을 저장한다. 낚시지렁이에서는 작고 쌍을 이루고 있으며 보통 몇개의 정소 앞부분의 분절에 위치해 있다. 때로는 부분적으로 또는 전체적으로 체벽 안에 있다. 저장낭은 대부분 구조가 단순하여 기부의 관 즉, 도관과 말단의 주머니 모양의 팽대부를 가지고 있다.
 

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